موسیقی سریال امام علی به آهنگ‌سازی فرهاد فخرالدینی از آثار شاخص موسیقی فیلم ایرانی است . گفته می‌شود این موسیقی ششصد سال و شعر آن هزار و چهارصد سال قدمت دارد:
کلَّ صُبْحٍ وَکُلَّ إشراقٍ [أیا] تبکِی عینی بِدمعِ مُشتاقٍ [أیا]
قَدْ لَسَعَتْ حَیَّةُ الهوى کَبِدی فَلا طَبیبَ لها ولا راقیَ
إلّا الحبیبَ الذی شَغَفْتُ بِهِ فَعِنْدَهُ رُقْیَتی وَتِریاقی
قدمت این شعر به ۱۴۰۰ سال قبل یعنی زمان پیامبر می‌رسد و عبدالقادر مراغی، موسیقی‌دان و هنرمند ایرانی قرن نهم، آن را به فارسی برگردانده و نت‌نویسی کرده است. عبدالقادر این اثر را در کتاب‌های مشهور خود جامع‌الالحان و مقاصد‌الالحان آورده و در آن چند تحریر ارائه کرده است. فرهاد فخرالدینی موسیقی سریال امام علی را از روی این آهنگ ساخته و خواننده‌ی آن صدیق تعریف است:
«آهنگی که بنده برای بخشی از سریال «امام علی(ع)» ساختم مربوط به 1400 سال پیش است که عبدالقادر مراغه‌ای حدود ۶۰۰ سال قبل آن را با حروف ابجد در آثاری چون «مقاصد الالحان» و «جامع الالحان» تدوین کرده است. بنده پس از پژوهش‌های فراوانی که در این زمینه انجام دادم، تلاش کردم این آثار را در فضای موسیقایی امروز پیاده کنم و اعتقاد دارم این تنها نسخه اجرایی برگرفته از آثار مکتوب عبدالقادر مراغه‌ای است که به این صورت پیاده شده است.»